Kirche des Hl. Ägidius und der Jungfräulichen Königin Maria in Třeboň
Die St.-Ägidius-Dechantkirche wird als Pfarrkirche bereits 1280 erwähnt. Bei der Gründung des Augustinianerklosters im Jahre 1367 wurde sie zur Klosterkirche und ihr Umbau wurde zur selben Zeit wie der des Klosters vorgenommen. Das Presbyterium der Kirche wurde etwa im Jahre 1380 fertiggebaut und das Zweischiff wurde in den darauffolgendenden Jahren eingewölbt. Die Außenansicht der Kirche, obwohl sie volkommene Proportionen hat, sagt nur wenig über den Innenraum des Zweischiffes aus, das sich im Osten durch einen hohen reich profilierten Spitzbogen in das verhältnismäßig breite am Ende des 18. Jahrhunderts barock umgebaute Presbyterium mit zwei Feldern und Abschluß öffnet.
In der Längsachse des Zweischiffes erheben sich vier schlanke Säulen, aus denen die Rippen der auf feinen hoch gestellten Konsolen gesetzten Wölbung auslaufen. Durch diese Einteilung sind 5 Paare von Wölbungsfeldern entstanden. Die Wände des Presbyteriums sowie des Zweischiffes an der der Straße zugewandten Außenseite sind mit einfachen Pfeilern und den sich regelmäßig zwischen ihnen erstreckenden hohen zwei- oder dreiteiligen Fenstern eingegliedert, die mit reichlichem Maßwerk versehen sind. Nur das westliche Feld hatte eine Rosette statt Fenster, die heutzutage mit einem späteren Anbau gedeckt ist. Inmitten der Südmauer befindet sich ein spitziges reich profiliertes Portal. Der Prismenturm in der Achse der westlichen Stirnseite hat einen Eingang mit einem spitzigen Bogen in der westlichen Mauer und kleine Fenster im ersten und zweiten Stock.
Nach der Beendigung des Baus wurde die Klosterkirche mit einer Einrichtung hohen künstlerischen Wertes ausgestattet. Die Tafeln des Hochaltars, die ein Werk des sog. Meisters von Třeboň sind, zählen zu den Gipfelwerken der Malerei des letzten Viertels des 14. Jahrhunderts in Böhmen. Weiters waren es zwei bemerkenswerte Plastiken aus der Kalvariengruppe und eine Plänerstatue der Madonna aus der Zeit um 1450, die als die einzige in der Kirche geblieben ist. Beim Brand in der Stadt im Jahre 1781 zerstörte der fallende Dachstuhl über dem Chor teilweise dessen gotische Wölbung und der Chor wurde dann mit einem barocken Tonnengewölbe eingewölbt. Glücklicherweise litt die innere Einrichtung der Kirche nicht sehr vom Brand.
Bei der Generalreparatur des Klosters und der Kirche in den Jahren 1897 – 1903 wurde der Kirchenturm regotisiert, der nach dem Brand eine Barockkuppel bekommen hatte. Die Altäre sowie die Mehrheit der anderen Einrichtung sind barock und stammen aus der 1. Hälfte des 18. Jhds., die Kanzel ist aus dem Jahre 1791. An den Wänden ist eine malerische Ausschmückung überwiegend aus der zweiten Hälfte des 15. Jhds. erhalten geblieben. Am Chor befindet sich eine Freske mit dem Thema des Jüngsten Gerichtes und am Eingang vom Chor in die Sakristei ein Teil der Freske von der Wende der 14. und 15. Jahrhunderte, die die Ankunft der ersten Ordensbrüder aus Roudnice nach Třeboň darstellt.
Das Tympanon des südlichen Eingangs in die Kirche ist vom Bild der Krönung der Jungfrau Maria gedeckt. Auf dem Fußboden des Chors liegen Grabsteine der Fürsten- und Prälatengruft. An der Ostseite und am Südportal der Kirche befinden sich die Statuen der Hl. Augustin, Adalbert, Johannes von Nepomuk und Wenzel, die vor 1744 gefertigt wurden.