Děkanský kostel sv. Jiljí a Panny Marie královny v Třeboni

Děkanský kostel sv. Jiljí se připomíná jako farní již roku 1280. Při založení kláštera augustiniánů v roce 1367 se stal kostelem klášterním a s jeho přestavbou se začalo současně jako se stavbou kláštera. Presbytář kostela byl dokončen asi v roce 1380 a dvoulodí sklenuto v následujících letech. Vnější neobvyklá podoba kostela jen málo vypovídá o vnitřním prostoru dvoulodí otevírajícím se na východě vysokým, bohatě profilovaným lomeným obloukem do poměrně širokého presbyteria o dvou polích a závěru, které bylo koncem 18. století zbarokizováno.

V podélné ose soulodí se zdvíhají čtyři štíhlé sloupy, z nichž vybíhají žebra klenby, usazené v obvodních stěnách na jemných, vysoko umístěných konzolách. Tímto rozdělením vzniklo pět párů klenebních polí. Stěny presbyteria i soulodí jsou na vnější straně, obrácené do ulice, členěny jednoduchými pilíři a pravidelně mezi nimi rozloženými vysokými dvoudílnými a třídílnými okny s bohatým kružbovím. Jen západní pole lodi mělo místo oken růžici, dnes částečně zakrytou pozdější přístavbou. Uprostřed jižní stěny lodi je lomený, bohatě profilovaný portál. Hranolová věž v ose západního průčelí má ve své západní stěně vchod s lomeným obloukem a v prvém a druhém patře okénka.

Po dokončení stavby byl klášterní kostel vybaven zařízením vysoké umělecké hodnoty. Desky z hlavního oltáře, dílo tzv. Mistra třeboňského oltáře, náleží k vrcholným dílům české gotické malby z poslední čtvrtiny 14. století. Dále to byly dvě pozoruhodné plastiky ze skupiny Kalvárie a opuková socha Madony z doby kolem 1400, která z uvedených děl jediná zůstala umístěna v kostele. Při požáru města v roce 1781 padající krov nad kněžištěm pobořil jeho původní gotickou klenbu a kněžiště bylo poté zaklenuto barokní valenou klenbou. Vnitřní zařízení kostela naštěstí požárem mnoho neutrpělo.

Při generální opravě kláštera i chrámu v letech 1897-1903 byla regotizována věž kostela, která byla původně po požáru zakončena barokní bání. Oltáře i většina ostatního zařízení jsou barokní a pocházejí z 1. poloviny 18. století, kazatelna je z roku 1791. Na stěnách se zachovala malířská výzdoba, pocházející převážně z druhé poloviny 15. století. Na kůru se nachází freska s námětem posledního soudu, u vchodu z kněžiště do sakristie část fresky z přelomu 14. a 15. století, znázorňující příchod prvních řeholníků z Roudnice do Třeboně.

Tympanon jižního vchodu do kostela vyplňuje obraz Korunování Panny Marie. Na podlaze v kněžišti jsou náhrobní kameny knížecí a prelátské hrobky. Při východní straně a při jižním portálu kostela jsou umístěny sochy sv. Augustina, sv. Vojtěcha, sv. Jana Nepomuckého a sv. Václava, zhotovené před rokem 1744.