Jezuitský kostel Panny Marie a svatého Ignáce
Nejvýznamnější barokní stavbou Klatov je bezesporu jezuitský kostel Neposkvrněného početí Panny Marie a Sv. Ignáce z let 1656 – 1689. Projektantem této významné stavby byl Jan Dominik Orsi, Ital usazený v Klatovech. Kostel má tvar půdorysu latinského kříže s mohutným dvouvěžovým průčelím, valenou klenbou a nad křížením má kopuli.
Malovaný iluzivní oltář od J. Hiebla z 1716 -1717, průčelní sochařská výzdoba od J. Platzera z roku 1734, portál z doby kolem 1720 (K. I. Dienzenhofer). Datum 1689 je datem znovuotevření kostela, který předtím ještě nebyl zcela vyzdoben, po vypálení města francouzskými žháři. Roku 1712 je kostel opatřen novým krovem a střechou a dvě hlavní věže jsou rovněž opraveny. Vnitřní výzdoba doznala také změn a kostel byl roku 1717 konečně po letech vysvěcen.
V roce 1743 bylo průčelí chrámu osázeno sochami světců, jejich pravděpodobným autorem byl Jiří Hanna. Požár z roku 1758 sice nepoškodil interiér, ale věže před ním uchráněny nebyly. Poslední oprava kostela proběhla v 80. letech 20. století, ale nepřinesla již žádných nových prvků. Součástí kostela jsou proslulé klatovské katakomby.
Katakomby: Jedinečná klatovská památka má svůj původ v XVII. století, kdy do města přišli jezuité. Krypta pod kostelem Sv. Ignáce sloužila jako pohřebiště jejich čelních členů. První pohřby se konaly od roku 1676. Jan Jahoda byl pohřben jako první, dále Albrecht Chanovský, matematik Benjamin Schleier či rektor koleje Jan Parubka. Později k nim přibývali i pánové z Janovic a Klenové nebo i Kolowratové.
Celkem bylo v Klatovech takto pohřbeno na 200 osob, a to až do roku 1784, kdy císař Josef II. tyto metody zakázal. Bohužel dodnes se zachovalo jen 30 ostatků, protože r. 1937 při neopatrných opravách kostela byl zničen důmyslný ventilační systém. K nápravě došlo až roku 1963, ale to už celá řada těl byla napadena plísněmi.