Die Stadt Velešín liegt am linken Ufer des Flusses Malše und ist die zentrale Stadt der Mikroregion Pomalší (Region um den Fluss Malše). Sie ist 20 km weit von der Stadt České Budějovice/Budweis in der Richtung Dolní Dvořiště und Linz entfernt und 13 km von Český Krumlov/Böhmisch Krumau.
Die eigentliche Siedlung entstand wahrscheinlich am Anfang des 13. Jahrhunderts im mäßig sich in der Richtung Osten dem Tal des Flusses Malše neigenden Becken (heute die Talsperre Římov). Von der nördlichen und südlichen Seite ist sie durch tiefe Einschnitte der Bäche umschlossen. Nur in der Richtung Westen ist das Gelände mit einer mäßig welligen Landschaft zwischen den Flüssen Malše und Vltava/Moldau offen. In der Vergangenheit war die Stadt Velešín eine bedeutende Marktstadt, derer Dominanten die ehemalige Filip-und-Jakub-Kirche und das Barockrathaus darstellen. Zu weiteren bedeutenden Denkmälern gehören die Wenzel-Pfarrkirche, einige bedeutenden historischen Häuser am Stadtplatz und die 1765 im Barockstil errichtete Marien-Statuengruppe.

Der älteste Stadtteil Latrán entstand während des Baus der königlichen Burg Velešín. Der lebenspendende Fluss Malše bat bereits lange vorher Zuflucht und genügend Nahrung für die Bewohner der Siedlung Kamenná věž / Steinerner Turm aus der späten Bronzezeit, ca. 1500 Jahre v.Chr., die sich flussabwärts in der Richtung zur Gemeinde Římov befand. In der Nähe von Velešín führte auch die bedeutende Pferdebahn aus České Budějovice/Budweis nach Linz. Es sind hier einige Brücken und bedeutende Bauten dieses technischen Denkmals erhalten geblieben. In Velešín wurde der Priester und Dichter der Zeit der nationalen Wiedergeburt Josef Vlastimil Kamarýt, der nahe Mitarbeiter von F.L. Čelakovský, geboren. Zu den weiteren neuzeitlichen Persönlichkeiten gehören die naiven Maler, das Ehepaar Šítal, derer Werke durch ihre Bedeutung weit über die Grenze der Republik greifen und derer künstlerischer Nachlass im historischen Haus Nr. 20 "U Kantůrků (Bei Familie Kantůrek)" ausgestellt wird.

Die Siedlung Velešín wurde wahrscheinlich im 13. Jahrhundert im Zusammenhang mit dem Bau der Burg auf einem Sporn über dem Fluss Malše gegründet. Die tradierten Nachrichten über eine slawische Burgstätte in der Umgebung von Velešín wurden durch archäologische Forschungen nicht bestätigt. Auf eine eventuelle ältere, dem Bau der Burg vorausgehende Besiedlung weisen also nur Etymologen hin, nach dessen Auslegung die Bezeichnung von Velešín wahrscheinlich nach einem Hof entstand, der einem Veleš gehörte. Von Anfang an wurde Velešín durch überwiegend tschechischsprachige  Einwohner besiedelt.

Die Burg Velešín wird zum ersten Mal in einer Urkunde aus dem Jahr 1266 erwähnt. Im ersten Drittel des 13. Jahrhunderts wurde die königliche Burg – wahrscheinlich durch Přemysl Otakar I. oder Václav I. - gegründet. Im Besitz der königlichen Kammer blieb die Burg jedoch nicht lange. 1265 tauschte der König Přemysl Otakar II. die Herrschaft Velešín mit Čéč aus Budweis gegen die Burg Hluboká und Budweis. Čéč verkaufte Velešín in Kürze an Beneš Pyšný. Mit ihm begann hier die Herrschaft der Michalovicer. Der König Přemysl Otakar II. nahm Beneš Velešín zwar ab, Václav II. gab es jedoch am 28. August 1283 an den Sohn von Beneš, Jan aus Michalovice zurück. Im Besitz der Herren aus Michalovice blieb dann Velešín länger als ein Jahrhundert. 1387 verkaufte Jan IV. Michalec aus Michalovice die Burg, zu der auch Latrán und eine kleine Stadt am linken Ufer von Malše, die Dörfer Sedlce, Tolišovice, Chlum Polžov, Kladějov und anderes Vermögen gehörten, an Oldřich aus Rožmberk/Rosenberg. Im Besitz der Rosenberger befand sich Velešín bis zum Aussterben der Linie mit Peter Wok im Jahr 1611. Unter der Herrschaft der Rosenberger wurde Velešín zur Stadt mit dem Marktrecht erhoben; wahrscheinlich erst in der Ära dieser Herrschaft fing es auch an, das eigene Wappen zu verwenden.

Das 20. Jahrhundert brachte den Einwohnern von Velešín viele noch nicht da gewesene Wenden. Mit Begeisterung begrüßte die Bevölkerung die Gründung des selbstständigen Tschechoslowakischen Staates im Jahr 1918 – zum Unterschied von einigen Städten in der Nachbarschaft - z.B. in Kaplice wurden die deutschsprachigen Unzufriedenen von Soldaten durch Schießen aus Kanonen ruhig gestellt. Auch an die auf Fronten des Ersten Weltkrieges gefallenen Männer, wo sie für die österreichisch-ungarische Heimat und für den Kaiser kämpften, wurde später als auf Opfer erinnert, die ihr Leben für die lange gewünschte Freiheit opferten. In Velešín wurde im November 1918 der Nationalausschuss gegründet, dem sich auch die Nachbargemeinden angeschlossen haben. Seine Mitglieder bemühten sich in der Zeit, als noch keine neuen tschechoslowakischen Organe funktioniert haben, vor allem die Ausfuhr von Lebensmitteln, Brennstoff und anderen für die Republik wichtigen Materialien nach Österreich zu verhindern.

Zu einer bedeutenden Entwicklung der Stadt trug die Stromzuführung bei, für die sich die Vertreter der Stadt bereits ab 1913 einsetzten. Die erste Kraftanlage wurde 1919 in der Pučegl-Mühle am Fluss Malše in Betrieb gesetzt. 1940 übernahmen die Stromversorgung die Jihočeské elektrárny/Südböhmische Kraftwerke in České Budějovice/Budweis. Das Gebiet am Fluss Malše wurde auch zum bedeutenden Erholungsgebiet, auch wenn viele Einwohner den Zustrom von Ausflüglern nicht positiv wahrgenommen haben. Die Position eines Urlaubsortes verlor die Region Velešín erst in den 70er Jahren vergangenen Jahrhunderts im Zusammenhang mit dem Bau der Talsperre Římov.

Die Zeit nach 1989 brachte neue Verhältnisse sowie neue Pläne mit sich. Es entwickelte sich wieder die private Unternehmertätigkeit, es erfolgte die Gaseinführung, viele Teile von Velešín verändern wesentlich ihr Aussehen – z.B. das Gebiet um den Busbahnhof, wo der einstige Schuttabladeplatz im Zentrum der Gemeinde durch eine Gewerbe- und Wohnzone ersetzt wurde. Eine bedeutende Veränderung stellte auch die Erhebung von Velešín zur Stadt am 1. Februar 1996 dar.

Das bedeutendste Unternehmen ist die Aktiengesellschaft Jihostroj Velešín, das bereits 1936 gegründet wurde. Die Landwirtschaftliche Kooperative ist der Nachfolger der Landwirtschaftlichen Produktionsgenossenschaft, die 1950 gegründet wurde. Nach 1989 entstanden neue bedeutende Unternehmen ARTEL KOSTEČKA s.r.o., Taconova Production s.r.o. und andere kleinere Gesellschaften und natürliche Personen, die Dienstleistungen und Geschäftstätigkeit für die Bürger der Stadt und ihrer Umgebung sicherstellen.