Dobrá Voda mit seinem modernen und überschaubaren Straßennetz entstand erst im Verlauf der letzten Jahrhunderte allmählich. Noch im Mittelalter befand sich an der Stelle des heutigen Dobrá Voda keine Siedlung, sondern urbares Land, das zum Großteil im Besitz von Bauern aus den umgebenden Dörfern Suché Vrbné (Dürrnfellern), Hlinsko und Pohůrka war. Erste Veränderungen und Siedler kamen mit Beginn des Silberbergbaus in der zweiten Hälfte des 16 und zu Beginn des 17. Jahrhunderts.

1555 wurde der St.-Wenzels-Stollen angelegt, es folgten das Haus Österreich (später umbenannt in St.Anna) und der St.-Sebastian-Stollen. Der Ertrag entsprach aber auf Dauer nicht den Erwartungen, bis man die Förderung 1635 schließlich auf lange Zeit aufgab. Indessen wurde man sich in der Gegend der Heilkräfte des Wassers aus den umliegenden Mineralquellen bewusst. Als diese 1629 auch die Leiden von Dorota Karmenská, der Ehefrau des Budweiser Bürgermeisters Johann Karmenský von Ebenfeld, linderten, ließ das dankbare Ehepaar zwischen 1630 und 1632 bei der Quelle eine kleine Kirche bauen und der schmerzhaften Jungfrau Maria weihen. 1677/1678 gründete die Stadt ein kleines Kurbad, das sie – 1720 vergrößert – für die folgenden einhundert Jahre betrieben hat, bis es 1779 von dem Privatier Antonín Graf gekauft wurde.

Die Kapazitäten der ursprünglichen Kirche reichten bald darauf für die häufig stattfindenden Wallfahrtsprozessionen nicht mehr aus, und als darüber hinaus noch das Gewölbe Risse bekam und einzustürzen drohte, ließ die Stadt Budweis ein neues Kirchengebäude errichten, wofür führende einheimische Architekten und Künstler zusammenkamen. Die Hauptphase der Bauzeit fiel in die Zeit zwichen 1733 und 1735; die feierliche Weihung mit der Überführung des verehrten Marienbildes aus dem alten Gotteshaus erfolgte 1739. die ursprüngliche Kirche wurde 1809 verkauft und in Wohnungen umgewandelt. (heute Hausnummer 5)

Inzwischen wuchs um das Kurbad und die Kirche herum die Zahl der Häuser allmählich an und das entstandene Dorf wurde mit den Bezeichnungen U dobré vody (Beim guten Wasser) oder Dobrá voda (bis zum Jahr 1720 in der Form Dobrawoda) belegt. Gegen Ende der 60er Jahre des 18. Jahrhunderts lebte die Silber- und Goldförderung erneut auf, anfangs auf die Initiative privater Bergbauunternhemen hin. Die Arbeit in den Teilen St. Sebastian (umbenannt in St. Barbara), St. Wenzel und Anna wurde wieder aufgenommen, die Stollen St. Moritz und Andreas neu angelegt. Seit 1778 hat der Staat den mehrheitlichen Anteil am Bergbau inne, wodurch die technische Ausstattung verbessert werden konnte, die neue Grube St. Leopold entstand und 1784 das Bergbauamt von Rudolfov nach Dobrá Voda verlegt wurde. Lange Zeit war der Bergbau jedoch wiederum ein Verlustgeschäft (der Ertrag deckte nicht einmal zwei Drittel der anfallenden Kosten ab), so dass 1809 die gesamte Arbeit in den Schächten eingestellt wurde. Versuche, die Edelmetallförderung zum dritten Mal wieder aufzunehmen wurden in kleinerem Umfang seit 1893 unternommen, waren jedoch ebenfalls nicht erfolgreich.

Mit Beginn des 19. Jahunderts war Dobrá Voda bereits ein Dorf mit einigen Dutzend Häusern und eigener Kirchenverwaltung (1777 wurde ein Kaplan eingesetzt, 1786 Filialkirchen gegründet, 1858 die Kirche zur Pfarrkirche erhoben). Nach Aufhebung der Zinsknechtschaft gegenüber der Königsstadt Budweis wurde Dobrá Voda 1850 in die Verwaltungsgemeinschaft Mladá eingemeindet, von der es 1902 wieder unabhängig wurde. Die Bedeutung des Ortes als Bäderzentrum verfiel mit der Zeit zusehends, Dobrá Voda wurde jedoch zu einem beliebten Ausflugsziel für die Budweiser BürgerInnen, von denen sich einige der wohlhabenderen Anfang des 20. Jahrhunderts in der angenehmen Umgebung Dobrá Vodas Villen errichten ließen.   Die Gemeinde, im 19. Jahrhundert noch überwiegend deutsch, war zur Jahrhundertwende durch den Zuzug neuer EinwohnerInnen rasch tschechisiert; Bei der Volkszählung von 1910 stellten die TschechInnen 2/3 der Bevölkerung und 1930 schon über 9/10. Seit Beginn des Jahres 1952 gehörte Dobrá Voda zu Budweis, eine eigenständige Gemeinde wurde es im November 1990 wieder.